日本聖公会主教会、正義と平和委員会は２月21日、今回の天皇の代替わりに関する一連の行事も、基本的な考え方や内容は、大嘗祭を公的な行事と位置づけ国費を支出した前回を踏襲するとの閣議決定を受け、抗議声明を安倍晋三首相に宛てて送付。声明では大嘗祭を公的な行事とし国費を支出することが日本国憲法20条の「信教の自由の保障・政教分離」に反すると指摘。また大嘗祭を公的な行事と位置づけることにより、天皇が特別な存在であること、さらに神格化のイメージを植え付けることを危惧し、強く抗議した。

２月27日には、21日に安倍首相が天皇に内奏をしたこと、及び翌22日に皇太子を訪問したことについて、日本キリスト教会靖国問題特別委員会（＊＊＊＊委員長）が安倍首相に抗議声明を送付。象徴である天皇は政治に一切関わってはならないとする現憲法に対する重大な違反であり、天皇の政治利用であると指摘するとともに、政治報告をなすべきは国会であり、政治的責任を果たすよう強く求めた。

また、２月28日には日本キリスト教婦人矯風会が抗議声明を安倍首相や菅義偉内閣官房長官、山本信一郎宮内庁長官らに宛てて送付。声明では、宮中祭祀は日本の文化であるため政教分離に抵触せず、また国費の支出は必要経費である、とすることは日本国憲法20条の「政教分離」、89条の「公の財産の支出又は利用制限」に違反すると指摘。即位礼、大嘗祭などの儀式を国の行事として行うことに強く反対した。

同日、日本パブテスト連盟性差別問題特別委員会は安倍首相に宛てて声明を送付。天皇の皇位継承が男性天皇、男系天皇しか認められていないことなどを指摘し、天皇制が性差別、セクシャルマイノリティ差別などのあらゆる差別をつくり出していると批判。代替わりを前に、一人ひとりの人権が大切にされる歩みへ踏み出せるよう求めた。
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2019年3月10日